Im Mittelalter war Wanfried eine bedeutende Hafenstadt. Frachtschiffe, die natürlich mit der Größe heutiger Frachtschiffe nicht vergleichbar sind, konnten über die Werra bis nach Wanfried gelangen. Wanfried wurde so ein wichtiger Umschlageplatz für Waren in den Osten. Die Bevölkerung Wanfrieds lebte hauptsächlich von der Schifffahrt. Die meisten waren Seeleute und Schiffer. Der Heilige Nikolaus ist der Schutzheilige der Seefahrer, Matrosen und Fischer. Daher war es der damaligen Tradition entsprechend selbstverständlich, dass an einem Platz, mit so vielen Seeleuten auch der Heilige Nikolaus verehrt wurde.
Die heutige Kirche St. Nikolaus wurde aber erst 1908 erbaut. Die erste Kirche lag vermutlich auf der gegenüberliegenden Straßenseite der heutigen Kirche und wurde „Klauskirche“ genannt.
Dies geht aus einer Urkunde von 1337 hervor, wo es heißt, dass Friedrich IX. der letzte Ritter von Treffurt als Verwunderter Aufnahme in der Klauskirche fand. Noch heute steht dort ein altes Fachwerkhaus, das immer noch als Klauskirche bezeichnet wird.
Bis 1908 diente ein Raum in diesem Haus den katholischen Christen als Kirche. Heute befindet sich das Haus, das als Wohnhaus dient, in Privatbesitz eines gläubigen Christen, der das Andenken dieses Gebäudes in Ehren hält.